被相続人の戸籍謄本を出生まで遡れない場合、本籍地の市区町村役場が発行する「『除籍等の謄本を交付することができない』旨の市区町村長の証明書」(いわゆる廃棄証明書)を添付すれば登記申請が可能です。
何となく相続人っぽい遠縁の親族がいるのにその人を無視して相続手続きを進めるのは少し気持ち悪いかもしれませんが、せっかく国が簡易な方法を認めてくれているので甘んじて受け入れましょう。
除籍等が滅失等している場合の相続登記について(通達)〔平成28年3月11日付法務省民二第219号法務省民事局長通達〕
相続による所有権の移転の登記（以下「相続登記」という ）の申請において，相続を証する市町村長が職務上作成した情報（不動産登記令（平成１６年政令第３７９号）別表の２２の項添付情報欄）である除籍又は改製原戸籍（以下「除籍等」という ）の一部が滅失等していることにより，その謄本を提供することができないときは，戸籍及び残存する除籍等の謄本のほか，滅失等により「除籍等の謄本を交付することができない」旨の市町村長の証明書及び「他に相続人はない」旨の相続人全員による証明書（印鑑証明書添付）の提供を要する取扱いとされています（昭和４４年３月３日付け民事甲第３７３号当職回答参照 。）
しかしながら，上記回答が発出されてから５０年近くが経過し 「他に相続人はない」旨の相続人全員による証明書を提供することが困難な事案が増加していることなどに鑑み，本日以降は，戸籍及び残存する除籍等の謄本に加え，除籍等（明治５年式戸籍（壬申戸籍）を除く ）の滅失等により「除籍等の謄本を交付することができない」旨の市町村長の証明書が提供されていれば，相続登記をして差し支えないものとしますので，この旨貴管下登記官に周知方お取り計らい願います。
なお，この通達に抵触する従前の取扱いは，この通達により変更したものと了知願います。
具体的には、戸籍を取得する際に「もし戸籍が廃棄されているときは廃棄証明書を発行してください。」と一言申し添えるだけです。しかも、廃棄証明書は基本無料です。⇒戸籍の取得
ただし、現在、戸籍の保存期間は除かれてから150年(!)とされていますので、第一次相続くらいではよほどの理由がない限り廃棄されないでしょう。
この通達が活きてくるのは、相続登記が長らくされていないために数次相続が発生しているときです。先代からの土地を遺産分割ができずにいる方も、諦めずにチャレンジしてみるのも良いかもしれません。
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